《生化危机3》的故事发生在《生化危机2》前，前半部分主要讲述了女主角吉尔在浣熊市调查安布雷拉公司地下业务的过程中遭遇生化兵器“追踪者”的袭击而感染了T病毒，于是她的同伴卡洛斯便到安布雷拉公司旗下的附属医院寻找解药；在后半段的故事中，吉尔已经恢复健康，她需要在有限的时间内逃离即将被导弹炸毁的浣熊市，并与“追踪者”展开最后的殊死对决。